可供玩家收集和使用的忍者角色构成了游戏最核心的吸引力，其阵容规模庞大且持续扩充。游戏高度还原了原著剧情，从最初的鸣人、佐助、小樱组合，到后续疾风传篇章的众多角色纷纷登场，官方宣传中提及了十年百忍的概念，这意味着游戏内已积累了非常可观的角色池。这些忍者不仅包括主角团，更囊括了晓组织、历代火影、五影会谈成员乃至各种特别剧情版本的忍者，形成了一个几乎覆盖整个火影宇宙的庞大角色库。玩家通过不同的途径获取并培养这些忍者，体验他们独特的技能和战斗风格，是游戏长期乐趣的重要来源。
游戏内的忍者有着明确的品质分级体系，主要分为S级、A级、B级和C级等，不同品质的忍者其强度、获取难度和培养所需资源各不相同。S级和A级忍者通常是玩家追求的核心高战力角色，他们拥有华丽的技能特效和强大的实战能力。而B级和C级忍者则更容易获取，其中不少是新手前期过渡和完成日常任务的好帮手。每个忍者都有其独特的定位，例如输出型、控制型或辅助型，玩家需要根据自己的战斗策略和阵容搭配需求来选择培养重点。这种分层设计既满足了玩家收集的成就感，也为不同投入程度的玩家提供了多样化的选择。
获取忍者角色的途径丰富多样，其中高级招募是获得S级和A级强力忍者的主要通道。游戏会定期更新高招忍者，新忍者上线时常伴有首付活动，投入一定资源抽取能获得额外的碎片奖励，这是规划资源时要重点把握的时机。玩家还可以通过参与限定招募、完成主线及精英副本收集碎片、在组织商店中兑换、参加节日或版本限时活动等多种方式逐步积累忍者。对于新手玩家，开局会赠送一些基础忍者，每月签到也能稳定获得B级忍者碎片，这些都为前期的游戏体验提供了保障。
忍者的培养是一个深度养成的过程，并非仅仅招募获得即可。每个忍者都需要通过消耗资源进行升级和突破来提升基础属性，而星级则通过收集更多的同名忍者碎片来提升，高星级能解锁更强的属性加成和技能效果。例如S级忍者需要100片碎片方可招募，之后升星仍需大量碎片。资源管理因此显得尤为重要，玩家的金币、体力、铜币等都需要精打细算，优先投入到主力忍者和关键属性提升上，例如优先强化攻击部位的装备和洗练暴击属性饰品，才能高效地提升整体战力。
火影忍者手游的忍者阵容是一个动态增长的生态，运营方会通过持续的版本更新为游戏注入新的活力。大约每四个月会推出新的高招S级忍者，期间也会穿插新的A忍或其他活动忍者，这意味着玩家可用的角色总数一直在增加。游戏内也会通过忍者平衡性调整来维护竞技环境的健康，部分过于强势的忍者可能会在版本更新中被调整技能效果。对于玩家而言，关注游戏公告和活动更新，合理规划自己的金币和资源，才能更顺畅地收集和培养自己心仪的忍者角色，在这个广阔的忍者世界中构建属于自己的最强阵容。
